本校為苗栗縣最南端的一所偏遠學校，位於鯉魚潭水庫攔河壩之北側之山坡上，成立於本校的前身為「三義公學校鯉魚潭分離散室」。 　

大正十年（一九二一）四月廿日。當時並無校舍，暫借上山下下城基督教堂上課。

大正十二年（一九二三）三月三十一日，鯉魚分離教室廢止，遷至龍騰村，改「三義公學校魚藤坪分教場」，共七年時間。

昭和五年（一九三〇）四月一日，「鯉魚潭分教場」創立於現在校址。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

昭和十六年（一九四一）四月一日，改稱「三義國民學校吉田分教場」

昭和二十一年（一九四六）九月十七日，奉准獨立，斯時苗栗隸屬新竹管轄，校名定為「新竹縣三義鄉鯉魚國民學校」，回復我國學制。

民國卅九年（一九五〇）十月廿正日，苗栗設縣，校名改為「苗栗縣三義鄉鯉魚國民學校」。　　　　　　　　　　　　　　　　　　

民國四十二年（一九五三）八月一日在龍騰村成立「龍騰分校」，三年後促成獨立設校。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

民國五十七年（一九六八）八月一日，政府實施九年國民義務教育，通令改名為「鯉魚國民小學」。　　　　　　　　　　　　　　　

本校位於地處偏遠，交通不便，校長、教師調動頻繁。創校迄今已近五十載，在歷任校長林萬鎮、徐運華、吳肇喜、載端、彭富欽、江木松、賴福雲、李景福、張溪、黃炳榮、陳新相、郭悌、李清棋、陳寶玉、鍾立財、李肇榮、陳民邦、劉拯民及現任校長羅國基長期經營，已有輝煌的成果。　　　　　　　

鯉魚國民小學的發展，以「藝術」陶冶學生氣質的教育為主，學生雖少，人人能歌善舞，校內充滿韻律之美。在精緻優美的校園裡，多功能的視聽教室、規畫完善的運動場，均能配合社區發展開放村民運用。全校教師秉持「蠟燭心」的奉獻精神，實是鯉魚兒童之福。